Biaya studi yang ditetapkan pada Program Magister Universitas Amikom Yogyakarta mencakup SPP untuk 54 SKS selama 4 semester aktif. besaran biaya studi ditetapkan dan dapat dibayarkan secara bertahap selama masa kuliah sesuai jadwal pembayaran sebagai berikut.
| Item Biaya | Informatika | PJJ Informatika | Waktu Pembayaran |
|---|---|---|---|
| Registrasi 1 | 10.000.000 | 14.000.000 | Awal Semester 1 |
| Registrasi 2 | 10.000.000 | 14.000.000 | Awal Semester 2 |
| Registrasi 3 | 10.000.000 | 14.000.000 | Awal Semester 3 |
| Total | 30.000.000 | 42.000.000 |